יהונתן, המופיע גם בכתיב יונתן, היה בנם של שאול המלך ושל אחינועם בת אחימעץ, משבט בנימין. ספר שמואל מתארו כיורש העצר, מפקד בצבא וגיבור מלחמה. הוא היה לגיסו של דוד כשנשא דוד את מיכל אחותו, ובנו היה מפיבושת נכה הרגליים, שדוד נטה לו חסד.

עוד בראשית מלכות שאול פיקד יהונתן על אלף לוחמים. הוא היכה את נציב פלשתים בגבע וקרא בכך תיגר על שלטונם. במלחמת מכמש, כשהעם התפזר, יצא כמעט לבדו, עם נושא כליו, אל מצב פלשתים דרך שני הסלעים בוצץ וסנה, והרג עשרים מהם; מעשה זה החליש את לב פלשתים, חיזק את לב העם והביא לניצחון. באותו יום, בלא שידע על השבועה שהשביע אביו את העם, טעם מעט דבש. שאול גזר עליו מוות, אך העם מנע זאת: ״הֲיוֹנָתָן יָמוּת אֲשֶׁר עָשָׂה הַיְשׁוּעָה הַגְּדוֹלָה הַזֹּאת בְּיִשְׂרָאֵל? חָלִילָה״.

לאחר ניצחון דוד על גלית ״נֶפֶשׁ יְהוֹנָתָן נִקְשְׁרָה בְּנֶפֶשׁ דָּוִד, וַיֶּאֱהָבֵהוּ יְהוֹנָתָן כְּנַפְשׁוֹ״. אף שהיה בן המלך ויורשו, ראה בדוד את המלך העתיד, היה מוכן להיות לו למשנה וכרת עמו ברית. הוא סנגר על דוד לפני אביו, והתעמת עמו בשל כך. על אהבתם נאמר במשנה: ״וכל אהבה שאינה תלויה בדבר – אינה בטלה לעולם... ושאינה תלויה בדבר? זו אהבת דוד ויהונתן״ (אבות ה, טז).

יהונתן נפל יחד עם אביו ואחיו בקרב עם הפלשתים בהר הגלבוע, ועל פי המדרש היה זה בכ״ח באלול. הפלשתים תלו את גופותיהם על חומת בית שאן, ואנשי יבש גלעד הורידום וקברום תחת האשל ביבש. לימים העלה דוד את עצמות שאול ובניו לאחוזת הקבר המשפחתית בארץ בנימין. בקינתו ספד לו דוד: ״צַר לִי עָלֶיךָ אָחִי יְהוֹנָתָן, נָעַמְתָּ לִּי מְאֹד, נִפְלְאַתָה אַהֲבָתְךָ לִי מֵאַהֲבַת נָשִׁים״.