רבי יוסף חיים זוננפלד נולד בו׳ בכסלו ה׳תר״ט (1848) בווערבוי שבמחוז ניטרה בהונגריה (כיום בסלובקיה), בנו של רבי אברהם שלמה ונכדו של רבי שמואל נדש, רבה של יערגען ותלמיד החתם סופר. כשהתייתם מאביו בגיל חמש, למד בגיל אחת עשרה אצל רבי יהודה לייב לפלר בסניץ, ואחר כך חזר לווערבוי ללמוד אצל רבי חיים צבי מנהיימר, עד שהצטרף בפרשבורג לישיבת הכתב סופר. לאחר נישואיו השתקע בקובערסדורף, ושם למד אצל רבי אברהם שאג.

בשנת 1873 עלה לירושלים עם רבו רבי אברהם שאג והשתקע בעיר העתיקה. הוא התקרב למהרי״ל דיסקין ולבנו, שאת יד ימינם היה במאבקיהם הציבוריים, והיה קרוב גם לרבי שמואל סלנט.

בשנת 1920 ייסד את העדה החרדית, הקהילה האורתודוקסית העצמאית של ירושלים, והיה לרבה הראשון. הוא הגן בתקיפות על עצמאותה של היהדות המסורתית מול המוסדות הציוניים. למרות תקיפותו נודע בחומו ובאהבתו לכל יהודי. הוא השתתף בייסוד שכונות ומוסדות רבים בירושלים.

הוא נפטר בי״ט באדר ב׳ ה׳תרצ״ב (1932) וטמון בהר הזיתים.