רבי יהונתן אייבשיץ נולד בסביבות ה'תנ"ד (1694) לפי המחקר העדכני (במקורות אחרים 1690), בפינצ'וב שבפולין לפי רוב כותבי תולדותיו (ויש אומרים בקרקוב). אמו שיינדל הייתה בתו של רבי משה יצחק יהודה ליב צונץ, ואביו רבי נתן נטע, לימים רבה של אייבשיץ שבמוראביה, היה צאצא של רבי נתן שפירא בעל "מגלה עמוקות". בילדותו נודע כעילוי ודבק בו הכינוי "העילוי מפינצ'וב". הוא התייתם מאביו ומאמו בצעירותו.

לאחר פטירת אביו גדל בפרוסניץ בבית רבי מאיר איזנשטט, המהר"ם א"ש, שאותו החשיב לרבו הראשון, ואחר כך למד בהאלישוי בישיבת רבי אליעזר הלוי איטינגא, ומשם עבר לווינה. בשנת ה'ת"ע (1710) נשא לאישה את עלקלי, בתו של רבי משה יצחק שפירא.

בשנת ה'תע"ד (1714) התיישב בפראג ונבחר לדרשן הקהילה ולראש הישיבה הגדולה, ובתפקידים אלו כיהן כחצי יובל; לאחר פטירת רבי דוד אופנהיים (ה'תצ"ז) היה לראש בית הדין. בשנת ה'תק"א (1741) נבחר לרבה של מץ, ובשנת ה'תק"י (1750) לרבן של קהילות אה"ו – אלטונה, המבורג ווואנדסבק.

לצד עיסוקו בנגלה עסק גם בתורת הנסתר וכתב קמעות, ועל כך יצא נגדו רבי יעקב עמדין בטענת שבתאות ופתח בפולמוס ממושך. רוב רבני דורו גיבו אותו, והסנאט של המבורג פסק לטובתו, אך הפולמוס מנע ממנו להתמנות לרבה של פראג.

חיבוריו: "כרתי ופלתי" על שולחן ערוך יורה דעה, "אורים ותומים" על חושן משפט, "יערות דבש" – דרשות ותוכחות מוסר, "תפארת יהונתן" על התורה, ו"לוחות עדות" שבו השיב על הטענות נגדו. נפטר באלטונה בכ"א באלול ה'תקכ"ד (18 בספטמבר 1764) והובא למנוחות בבית הקברות היהודי באלטונה.