הרב יחיאל מיכל הלוי אפשטיין נולד בכ' בשבט תקפ"ט (24 בינואר 1829) בעיר בוברויסק שבבלארוס, לראשקא ולר' אהרן יצחק הלוי, קבלן וסוחר שהרבה לנסוע לצורך עבודתו. לפי המסורת המשפחתית, משפחת אפשטיין היא נצר למשפחת בנבנשתי הספרדית.

בתחילה שאף לעסוק במסחר כאביו, אך רבי אליהו גולדברג, לימים אב בית הדין של בוברויסק, שכנעו להקדיש את עצמו לתורה, והוא למד שנתיים בישיבת וולוז'ין. נשא לאישה את מיכלה, בתו של ר' יעקב ברלין ואחותו של הנצי"ב מוולוז'ין, שעמו נקשר בידידות כל ימיו. לאחר נישואיו שב לבוברויסק, שימש ר"מ בישיבה המקומית ודיין בבית דינו של הרב גולדברג, ואשתו ניהלה חנות בדים שממנה התפרנסה המשפחה. לאחר שאבד כספו קיבל עליו להתמנות לרב.

תחילה כיהן כרבה של נובוזיבקוב שברוסיה, עיירה שרוב תושביה חסידים, ושם הוציא את ספרו הראשון "אור לישרים" על ספר הישר לרבנו תם. לאחר מכן התמנה לרבה של נובהרדוק, ושימש בתפקיד זה שלושים וארבע שנה, עד פטירתו. מדי פעם נסע לסנקט פטרבורג והתאכסן בבית אחיו בנימין בייניש, כדי להגיש את כתביו לצנזורה הרוסית. בהנהגתו כרב היה תקיף, ובפסיקת ההלכה חתר למצוא צד היתר ככל האפשר. הוא נודע כ"גדול המסמיכים", ובין מוסמכיו הרב איסר זלמן מלצר, הראי"ה קוק והרב יחזקאל אברמסקי.

חיבוריו: "ערוך השולחן", חיבור הלכתי מקיף על ארבעת חלקי השולחן ערוך, המברר כל דין משורשיו בתלמוד ובראשונים ועד להלכה למעשה, ועל שמו נקרא; "ערוך השולחן העתיד", על ההלכות הנוהגות בארץ ישראל ובזמן שבית המקדש קיים; "אור לישרים"; "מיכל המים" על התלמוד הירושלמי; ו"ליל שימורים" על הגדה של פסח.

בנו הוא הרב ברוך הלוי אפשטיין, מחבר "תורה תמימה"; בתו בתיה מרים נישאה בנישואים שניים לנצי"ב, ובנם הוא הרב מאיר בר-אילן. הוא נפטר בנובהרדוק בכ"ב באדר ב' ה'תרס"ח (25 במרץ 1908) ונקבר שם.