רבי שמואל העלר נולד באוכאניה, ליד לובלין, בסביבות 1785 לדעת אחדים, ובסביבות 1803 לדעת אחרים. מצאצאי רבי יום טוב ליפמן הלר, בעל “תוספות יום טוב”, הכיר בילדותו את החוזה מלובלין, שסבו היה ממקורביו, ומפגש זה הטביע בו את חותמו. בסביבות 1813 עלתה משפחתו, מקבוצת חסידים שבערה בהם אהבת ארץ ישראל, והתיישבה בצפת ובטבריה.

הוא היה תלמידו של רבי אברהם דוב מאווריטש, בעל “בת עין”, וירש את מקומו כרבה של צפת. במשך למעלה מארבעים שנה הנהיג את העדה האשכנזית בצפת בתלאות נוראות, ובהן רעידת האדמה של 1837, שבה נפצע קשה בידו ונאלץ לחדול ממלאכת השחיטה. הוא הצליח לשקם את צפת מהריסותיה ולשמור על מקומה כמרכז החסידות בארץ ישראל במאה התשע עשרה.

הוא נודע גם כמרפא, בקיא בצמחי המרפא של הארץ, ונערץ על יהודים ועל ערבים כאחד. נינו, רבי אברהם זאב העלר, היה המנהיג הרוחני של צפת בשנות הארבעים והחמישים, וגם חסיד ברסלב רבי שמואל הורוביץ נמנה עם צאצאיו.

הוא נפטר בשנת 1884 וטמון בבית העלמין העתיק בצפת, סמוך לקברי האר״י ורבי משה קורדובירו.