הרב שמעון סופר נולד בפרשבורג בי"ג בטבת תקפ"א (18 בדצמבר 1820), בנו של החתם סופר, רבי משה סופר, רבה של העיר, ושל שרה בתו של רבי עקיבא איגר. בגיל שבע עשרה נשא את מרים, בתו של דב בר שטרנברג מקרולה, ולאחר נישואיו התגורר סמוך לאביו בפרשבורג.

למד תורה מפי אביו, שכינה אותו בחיבה "שמעון חסידא". לאחר פטירת החתם סופר עסק יחד עם אחיו הבכור, רבי אברהם שמואל בנימין, בעריכת כתבי אביהם והדפסתם, ובהם שו"ת חתם סופר על יורה דעה.

בשנת תר"ד (1844) נתמנה לרב במטרסדורף, משרה שמילא בה אביו בשעתו. מתוך ענווה סירב להצעות רבנות נוספות, ובהן ניקלשבורג. בשנת תרכ"א (1861) קיבל את רבנות קרקוב וכיהן בה עשרים ושתיים שנה. היה ממנהיגי היהדות החרדית בגליציה, ייסד את אגודת "מחזיקי הדת" ואת ביטאונה, ובשנת 1879 נבחר לרייכסראט, הפרלמנט האוסטרי. הקיסר פרנץ יוזף העניק לו עיטור הוקרה על דאגתו לפצועי מלחמת 1866.

אהבתו לארץ ישראל הייתה עזה, והוא היה ממייסדי אגודת "ראש פינה" בקרקוב. ספריו, דרשות ושו"ת, נקראים "מכתב סופר".

נפטר בקרקוב ביום שני, י"ז באדר ב' תרמ"ג (26 במרץ 1883). דבריו האחרונים, שנאמרו לחתנו הרב עקיבא קורניצר שמילא את מקומו, עסקו בכיסופיו לארץ הקודש. מנוחתו כבוד בבית העלמין היהודי החדש בקרקוב.