רבי שבתי בן מאיר הכהן, המכונה הש״ך על שם חיבורו העיקרי, נולד בשנת ה'שפ״ב (1621 או 1622) באמסטיבוב שבממלכת פולין-ליטא; יש מקורות המציינים את וילנה כמקום הולדתו. אביו, רבי מאיר הכהן, תלמיד המהר״ם מלובלין, כיהן כרב באמסטיבוב.

בילדותו למד אצל רבי נתן נטע שפירא, בעל ״מגלה עמוקות״, ובגיל שתים עשרה נכנס לישיבתו של רבי יהושע השל מקרקוב, בעל ״מגן שלמה״. לאחר מכן המשיך ללמוד בלובלין. בשנת תי״א (1651) מונה לחבר בית הדין של וילנה.

בגיל עשרים וארבע, בשנת 1646, הדפיס בקרקוב את פירושו ״שפתי כהן״ על שולחן ערוך יורה דעה, ואחריו את פירושו על חושן משפט. חיבוריו עוררו התנגדות אצל אחדים מבני דורו, ובהם רבי דוד הלוי בעל ״טורי זהב״ (הט״ז), שעל חיבורו השיג בספרו ״נקודות הכסף״.

חיבוריו: ״שפתי כהן״ על יורה דעה וחושן משפט, ״ספר הארוך״ על הטור יורה דעה, ״תקפו כהן״, ״פועל צדק״, ״גבורת אנשים״, ״נקודות הכסף״, ו״מגילת איפה״ (אמסטרדם, 1651), קינה וסליחות על פרעות ת״ח ות״ט.

בכיבוש וילנה בשנת 1655 גלה עם כל הקהילה ונדד ממקום למקום עד שהגיע להולשוב שבמורביה, ושם התקבל לרב. הוא נפטר זמן קצר לאחר מכן, בא' באדר, כבן ארבעים ואחת, ונקבר בבית הקברות היהודי בהולשוב. המקורות חלוקים בשנת פטירתו: א' באדר ה'תכ״ב (20 בפברואר 1662) או א' באדר א' ה'תכ״ג (8 בפברואר 1663).