רבי רפאל נתן נטע רבינוביץ נולד בשנת תקצ"ה (1835) בזאגר חדש שבפלך קובנה, ליטא, בן לרבי שלמה זלקינד, ממשפחה מיוחסת שייחוסה הגיע עד המהר"ל מפראג, אך דלת אמצעים. בגיל שלוש עשרה וחצי לערך עבר לווילקומיר, לביתו של רבי יוסף בן ישראל איסר פאדווא, שהיה סמוך על שולחנו שנתיים וחצי ונעשה רבו המובהק; לימים נשא את אחייניתו, והקפיד לבקרו ולשאול בעצתו מדי שנה עד פטירתו בתרכ"א.

המשיך ללמוד בקיידאן, שם כונה "העילוי מקיידאן" ונשא לאישה את בת רבי אהרן בן ישראל איסר פאדווא, שדאג לפרנסתו, ואחר כך בקאפולה שבפלך מינסק. בשנת תרי"ד עבר לאיישישוק ולווילנה והתיידד עם הביבליוגרף יצחק אייזיק בן יעקב; כבר בגיל שש עשרה חיבר חלק שלישי ל"שפתי ישנים". בווילנה העתיק תוך שלושה חודשים את כתב היד של שו"ת מהר"ם מרוטנבורג, ואז נאלץ לעזוב את העיר, ככל הנראה כדי להימנע מגיוס לצבא, ועבר ללמברג, שם הדפיס את הספר בשנת תר"כ בהסכמת רבי יוסף שאול נתנזון, שנהג לקום לכבודו בבית הכנסת אף שהיה בן עשרים וחמש בלבד.

לאחר שהות בפרסבורג ובווינה, שם שמע מאהרן ילינק על כתב יד התלמוד שבמינכן, הגיע לעיר זו והחל בה, בג' באלול תרכ"ג, במפעל חייו "דקדוקי סופרים". בתמיכת הבנקאי ואספן הספרים אברהם מרצבכר השווה את כתב יד מינכן משנת 1342, כתב היד השלם היחיד של התלמוד הבבלי, לדפוסים הראשונים ולכתבי יד נוספים (פריז, אוקספורד, לונדון, פארמה), רשם כל שינוי נוסח ודן בו לאור דברי הראשונים. הכרך הראשון, על ברכות, יצא בשנת תרכ"ח (1867); חמישה עשר כרכים ראו אור בחייו, וכרך שישה עשר, על חולין, לאחר פטירתו. הוא לא סמך על איש בהעתקת כתבי יד: לאחר שנשרפו כמה שורות מעבודתו, שלושה מעתיקים החזירו לו שלוש גרסאות שונות.

הקדמתו, "מאמר על הדפסת התלמוד", מתארת את תולדות דפוסי התלמוד משונצינו (רמ"ד) ועד למברג (תרל"ז) ונעשתה ספר יסוד בביבליוגרפיה העברית. הוא ההדיר גם את "גאון יעקב" על עירובין, את "יחוסי תנאים ואמוראים" ואת "קונטרס עקרי העבודה" של רבו. לפרנסתו נאלץ לעסוק במסחר ספרים וכתבי יד.

באחת מנסיעותיו חלה בדלקת ריאות בקייב ונפטר שם בכ"ד בכסלו תרמ"ט (28 בנובמבר 1888), בן חמישים ושלוש, והותיר אישה ובן יחיד. נכבדי קייב חלקו לו כבוד גדול וקברוהו בין גדולי העיר.