רבי נתן נטע שפירא, המכונה על שם ספרו ״מגלה עמוקות״, נולד בשנת ה'שמ״ה (בסביבות 1584). הוא היה בנו של הרב שלמה שפירא, ונקרא על שם סבו, רבי נתן נטע שפירא, אב״ד הורדנה, בעל ״מבוא השערים״ ו״אמרי שפר״. ייחוסו מגיע עד לרש״י.

בסביבות שנת ה'שס״ח (1608) עבר מהורדנה לקז'ימייז' שליד קראקא, ונשא את רוזה בתו של משה יעקובוביץ', מנכבדי העיר ופרנסיה. חותנו סיפק את כל צרכיו, ולכן מילא את תפקידיו הציבוריים שלא על מנת לקבל פרס. בשנת ה'שע״ז (1617), בהיותו בן שלושים ואחת, נתקבל לראש ישיבה ודרשן בקהילת קרקוב; במקורות באנגלית ובצרפתית הוא מתואר כרבה הראשי של העיר.

לתלמידיו לימד את תורת הנגלה בדרך הפלפול, ובדרשותיו בשבתות הסתמך גם על תורת הנסתר, ודרש על כל תג וקוצו של יו״ד. הוא נודע כמי שהפיץ את תורת האר״י בפולין. קיבל על עצמו את מנהג צפת לעשות תיקון חצות ולבכות על חורבן הבית. גדול תלמידיו היה רבי שבתי כהן, בעל הש״ך.

חיבר כחמישה עשר ספרים בנגלה ובנסתר, ובהם פירוש על הזוהר שנדפס בחייו בלובלין, חידושים על הרי״ף, ו״מגלה עמוקות״ על התורה. ספרו ״מגלה עמוקות״ על פרשת ואתחנן, שנדפס בקראקא בשנת ה'שצ״ז, כולל רנ״ב אופנים בביאור תפילת משה ״אעברה נא״.

נפטר בי״ג באב ה'שצ״ג (20 ביולי 1633) ונקבר בבית הקברות היהודי העתיק בקרקוב, שבו קבורות גם אשתו ובתו. על מצבתו נחרת: ״הוא שאומרים עליו שדיבר אתו אליהו פנים אל פנים״.