רבי נפתלי דוב אמסטרדם נולד בשנת 1832 בסלנט שבליטא. כבר מנעוריו הצטיין בשקידתו וביראת השמים שלו, עד שרבי ישראל סלנטר, מייסד תנועת המוסר, הפקיד בידיו את חינוך בנו. הוא למד אצלו בווילנה ובקובנה והיה מתלמידיו העיקריים. רבי ישראל הבחין כך בין שלושת תלמידיו הגדולים: רבי יצחק בלאזר – הלמדן; רבי שמחה זיסל זיו – החכם; ורבי נפתלי אמסטרדם – החסיד.

לאחר נישואיו סירב לכל משרה רבנית ופתח מאפייה לפרנסתו, אך רבו אסר עליו לעבוד בה כפועל פשוט. בשנת 1867 היה לרבה של הלסינקי, ושם שהה שמונה שנים, ואחר כך חזר לקובנה, ושם חי בעוני. רבי ישראל שלח אותו לאחר מכן לסנקט פטרבורג כמורה צדק לצד רבי יצחק בלאזר, ואחר כך כיהן כרבה של יאסווין ואלכסוט, עד שוויתר על הרבנות כדי להתמסר כולו לעבודה על עצמו ולהפצת המוסר בישיבות.

לאחר פטירת אשתו בשנת 1906 עלה לירושלים. הוא ידוע מן השיחות הרבות עם רבו המובאות בספרות המוסר. הוא נפטר בירושלים בשנת 1916 וטמון בהר הזיתים.