רבי משה דוד ואלי, בנו של רבי שמואל, נולד בפדובה שבאיטליה בשלהי המאה ה-17. היה פרשן מקרא, רופא, מלומד ומקובל, מגדולי יהדות איטליה במאה ה-18.

למד אצל רבני פדובה יחד עם הרמח״ל, ושניהם הוסמכו לרבנות בערב חג הסוכות ה׳תפ״ו. הרצה בקבלה בחבורת ״מבקשי ה׳״ שבפדובה, שבה השתתף הרמח״ל, ולפי החוקר יוסף אלמנצי היה רבו של הרמח״ל בקבלה בתחילת לימודו. כאשר הקים הרמח״ל את חבורתו בשנת ה׳תפ״ז, היה הרמ״ד ואלי מראשי החבורה, ובהמשך עמד בראשה.

היה איש אשכולות: למד רפואה באוניברסיטת פדובה והיה בקי במקרא ובפילוסופיה. ברפואה דבק בשיטת גלינוס, היפוקרטס ואבן סינא, בסוברו שהאמת אינה משתנה בכל הדורות. בגיל 25 חיבר באיטלקית חיבור פולמוסי נגד הנצרות, ״I Sette Giorni della Verità״.

חיבורו העיקרי הוא פירוש בדרך הקבלה על כל התנ״ך, בעשרות חיבורים המשתרעים על כ-15,000 עמודים, שנותרו זמן רב בכתב יד והודפסו על ידי הרב יוסף ספינר. דרכו לקשר בין פסוק לפסוק ובין עניין לעניין, עד שכמעט כל הספר מתפרש בהמשך אחד, והפשט והסוד שלובים בו יחד, כך שהסוד אינו משנה את משמעות הפשט. חיבוריו: פירוש על התורה והנביאים, ספר הליקוטים (בנושאים שונים, ובהם רפואה), וקטעים מיומן ״חזיונות״ שפרסם ישעיה תשבי.

נפטר ביום ג׳, ז׳ בטבת ה׳תקל״ז (17 בדצמבר 1776), ונטמן בבית הקברות היהודי ברחוב ויה קמפניולה בפדובה. על מצבתו נכתב: ״מעלת החכם הרופא המקובל האלקי כמהה״ר משה דוד ואלי זצ״ל״.