רבי משה אהרן פינטו נולד בשנת 1912. הוא היה בנו של רבי חיים פינטו הקטן, מצאצאי משפחת פינטו המיוחסת, מגזע רבי יאשיהו פינטו, הרי"ף בעל הפירוש על 'עין יעקב'. לפי מרכז חי, קרא לו אביו משה אהרן משום שגילם בו את מידותיהם של משה רבנו ואהרן הכהן.

נשא לאישה את הרבנית מזל טוב, בתו של שמחה אלקסלסי, ממשפחה שמוצאה ממרקש; על פי המסופר, ניבא אביו את השידוך עוד ביום היוולדה.

הוא נמנה עם הצדיקים הנסתרים: לא רצה להתפרסם, וכל חייו הוקדשו לתורה ולתפילה. לפי חברת פינטו, ביקש ממנו אביו לנדור להסתגר בביתו ארבעים שנה, וכך ישב שלושים שנה בביתו במוגדור (אסווירה) ועשר שנים בקזבלנקה, עד שביקש רשות להשתקע בארץ ישראל. המקורות מתארים אותו כעניו, אוהב שלום ורודף שלום, שקם מפני כל אדם והרבה בצדקה. חסידיו כינוהו "אור ועמוד העולם".

בניו ממשיכים את דרכו: הרב חיים שמעון פינטו, רבה של אשדוד; הרב דוד חנניה פינטו, העומד בראש מוסדות 'אורות חיים ומשה' וחברת פינטו; והרב יעקב ישועה פינטו, ראש מוסדות 'נתיבי חיים ומשה'.

לאחר מחלה ממושכת וקשה שנמשכה שלוש שנים, נפטר רבי משה אהרן פינטו באשדוד בה' באלול תשמ"ה (22 באוגוסט 1985), בגיל 73. הוא טמון בכניסה לבית העלמין באשדוד, וציונו הפך למקום עלייה לרגל שאליו נוהרים אלפים ביום ההילולא.