רבי מרדכי בן אברהם יפה, המכונה "בעל הלבוש" או "בעל הלבושים" על שם ספריו, נולד בשנת ה'ר"צ (1530) לערך בפראג, למשפחה המיוחסת כצאצאי רש"י. אביו, רבי אברהם יפה, תלמידו של רבי אברהם בן אביגדור, היה לרבה של בוהמיה כולה. הוא למד תורה בלובלין ובקרקוב אצל רבי שלמה לוריא, המהרש"ל, ורבי משה איסרליש, הרמ"א. לאחר נישואיו שב לפראג והקים בה ישיבה, אך בשנת 1561 גורשו היהודים מפראג ומבוהמיה כולה והוא עבר לאיטליה.

באיטליה התגורר למעלה מעשר שנים במנטובה ובוונציה, והשתלם במתמטיקה, באסטרונומיה, בפילוסופיה ובמדעים נוספים. המסורת מספרת כי בשנים אלה למד קבלה אצל רבי מתתיהו דלקרוט, מחבר "צל העולם", והתגורר בביתו; דרכו בקבלה היא שיטת הקבלה הספרדית הקדם-לוריאנית. בין השנים 1572–1578 שב לפולין והתמנה לרבה של הורודנה, שם בנה בית כנסת מפואר; בעקבות מחלוקת עבר בשנת 1588 ללובלין, שם היה ממנהיגי ועד ארבע ארצות, ובשנת 1590 לקרמניץ. כשעזב המהר"ל את רבנות פראג בשנת 1592 מילא רבי מרדכי את מקומו, ומשחזר המהר"ל בשנת 1599 התמנה לרבה של פוזנא, בה כיהן עד יום מותו. הוא השתתף בירידי ירוסלב ולובלין, שבהם נפגשו ראשי הקהילות הגדולות.

מספריו ניכרת בקיאותו הרבה: עסק בפרשנות המקרא, בהלכה, בדרשנות, בפילוסופיה, במדעים ובקבלה. יחסו ללימוד "חכמות חיצוניות" היה חיובי, והוא חלק בעניין זה בתקיפות על רבו המהרש"ל שראה בו ביטול תורה. בין תלמידיו רבי יששכר בר איילנבורג, מחבר "באר שבע", ורבי יעקב קופלמן, מחבר "אהל יעקב" על ספר העיקרים.

הוא התפרסם בזכות סדרת ספריו המונומנטלית "הלבושים" או "לבוש מלכות", עשרה ספרים ששמותיהם לקוחים מן הפסוק "ומרדכי יצא מלפני המלך בלבוש מלכות תכלת וחור...": "לבוש התכלת" ו"לבוש החור" על אורח חיים, "לבוש עטרת זהב" על יורה דעה, "לבוש הבוץ והארגמן" על אבן העזר, "לבוש עיר שושן" על חושן משפט, "לבוש האורה" על פירוש רש"י לתורה ועל הרא"ם, "לבוש שמחה וששון" (דרשות, ספרו היחיד שלא נדפס), "לבוש פינת יקרת" על מורה נבוכים, "לבוש אדר היקר" על הלכות קידוש החודש לרמב"ם ועל "צורת הארץ" לרבי אברהם בר חייא, ו"לבושי אור יקרות" על פירושו הקבלי של רבי מנחם רקנאטי. את הקדמתו פתח במילים "אמר התופר", והסביר כי ביקש תחילה לחבר ספר שיכלול את כל ההלכות הנובעות מן הטור והבית יוסף, אך הדפסת השולחן ערוך ואחריה הגהות הרמ"א על מנהגי אשכנז הביאוהו לחבר ספר המבאר את שורשי וטעמי ההלכות שנפסקו בשולחן ערוך, בדרך ביניים בין הבית יוסף הארוך לשולחן ערוך הקצר. על החיבור עמל כחמישים שנה. ה"לבוש" היה במשך שנים ספר הלכה נפוץ בקרב יהודי אשכנז ונחשב עד היום לספר יסוד שפוסקי ההלכה מסתמכים עליו; רבי אליה שפירא מפראג חיבר עליו את הפירושים "אליה רבה" ו"אליה זוטא".

הוא נפטר בפוזנא בג' באדר ב' ה'שע"ב (מרץ 1612).