רבי חזקיה די סילוה, המכונה על שם ספרו ״פרי חדש״, נולד בליוורנו שבאיטליה לחכם דוד די סילוה, בשנת ה׳תט״ז (1656) לפי המקורות העבריים, ולפי מקורות אחרים ב-1659. ראשית תורתו למד מפי חכם שמואל קוסטא וחכם יהודה שאראף.

בהיותו כבן עשרים עלה לארץ ישראל והתיישב בירושלים, ולמד בישיבת ״בית יעקב ויגה״ מפי הראשון לציון רבי משה גלנטי. נשא לאישה את חנה, בת הרופא רבי רפאל מרדכי מלכי, ונולד להם בנם רבי דוד. בשנת ה׳תמ״ט (1689) נפטר רבו רבי משה גלנטי, והוא התמנה לראש הישיבה במקומו עוד לפני הגיעו לגיל שלושים.

בשל מצוקה כספית נסגרה הישיבה, והוא יצא בשליחות לאירופה בין השנים 1688–1692. באמסטרדם הוצע לו לכהן כרבה של הקהילה הספרדית, והוא סירב. שם הדפיס בשנת ה׳תנ״ב (1692) את חלקו הראשון של ספרו ״פרי חדש״ על השולחן ערוך, יורה דעה. בשובו לירושלים הקים מחדש את ישיבתו בתמיכת ישראל יעקב פיררא, ומכאן שמה ״בית יעקב פיררא״, ועמד בראשה עד פטירתו. מתלמידיו: רבי יצחק הכהן רפפורט, בעל ״בתי כהונה״, ורבי שלמה אלגאזי, רבה של מצרים.

ספרו ״פרי חדש״ בוחן את דברי הפוסקים שקדמו לו באופן ביקורתי לאור התלמוד, ואינו נרתע מלחלוק על רבי יוסף קארו והרמ״א. בשל כך החרימו חכמי מצרים את הספר, והחרם הותר על ידי רבי אברהם הלוי, בעל ״גינת ורדים״. בדורות מאוחרים התקבל הספר כאחד מספרי היסוד בפסיקת ההלכה ונדפס ברוב מהדורות השולחן ערוך, ורבי חיים בן עטר חיבר את ״פרי תואר״ ליישב את תמיהותיו. חיבוריו: ״פרי חדש״ על אורח חיים, יורה דעה ואבן העזר (החלקים המאוחרים יצאו לאור בידי בנו), ״מים חיים״ על התלמוד והרמב״ם, ו״בינה ודעת״ על בין השמשות.

נפטר בדמי ימיו, לפני גיל ארבעים, ביום כ״ח בכסלו ה׳תנ״ו (5 בדצמבר 1695) לפי מסורת יום ההילולא, ויש מקורות הקובעים את פטירתו ב-1698. נקבר בהר הזיתים בירושלים, סמוך לקבר זכריה הנביא.