רבי חנינא, או חנניה, סגן הכהנים היה תנא בדור הראשון, שחי בזמן חורבן בית שני. תוארו ניתן לו בזכות תפקידו: שימש סגן הכהנים במקדש, האחראי על עבודת הכהנים והמיועד להחליף את הכהן הגדול אם ייפסל. כך העיד בעצמו: ״למה סגן ממונה? שאם אירע בו פסול בכהן גדול, נכנס ומשמש תחתיו״ (סוטה מב ע״א). בנו היה רבי שמעון בן הסגן.

לאחר החורבן העיד על מה שראה בבית המקדש. במשנה (עדיות ב, א) נאמר: ״רבי חנינא סגן הכהנים העיד ארבעה דברים״, ובהם: ״מימיהם של כהנים לא נמנעו מלשרוף את הבשר שנטמא בוולד הטומאה עם הבשר שנטמא באב הטומאה״. בדברים אלה נפתחת בתלמוד (פסחים יד ע״א) סוגיה ארוכה הקרויה על שמו. עוד אמר: ״מימי לא ראיתי עור יוצא לבית השרפה״ (עדיות ב, ב), וסיפר: ״דוחה היה אבא את בעלי מומין מעל גבי המזבח״ (זבחים ט, ג). המשנה מספרת גם שבני ביתו של רבי חנניא סגן הכהנים היו משתחווים ארבע עשרה השתחוויות במקדש, והנוספת כנגד דיר העצים, ״שכן מסורת בידם מאבותיהם ששם הארון נגנז״ (שקלים ו, א).

במסכת אבות (ג, ב) נאמרה בשמו האמרה הנודעת: ״הוי מתפלל בשלומה של מלכות, שאלמלא מוראה, איש את רעהו חיים בלעו״.

במגילת תענית בתרא נזכר שנהרג יחד עם רבן שמעון בן גמליאל ורבי ישמעאל בן אלישע, מעשרת הרוגי מלכות, בכ״ה בסיוון, ומשום כך נקבע יום זה כתענית צדיקים, כמובא בטור ובשולחן ערוך (אורח חיים תקפ). קבר עממי המיוחס לו ולרבי זכריה בן הקצב מצוי באזור כפר חנניה שבגליל.