רבי חיים אבולעפיה, המכונה “השני” כדי להבדילו מאבי אבותיו בן אותו שם, נולד בחברון בשנת 1660, בנו של רבי יעקב אבולעפיה, ממשפחת רבנים גדולה ממגורשי ספרד. בצעירותו עברה משפחתו לירושלים, ושם למד בישיבת “בית יעקב”, שבראשה עמד אז רבי משה גלאנטי, ולמד בחברותא עם רבי חזקיה די סילוה, בעל “פרי חדש”.

בשנת 1699 ביקשו ממנו יהודי חברון, שנאנקו תחת המסים, לצאת בשליחותם לטורקיה. כעבור שש שנים שב לארץ ישראל והיה לרבה של צפת; הוא הרבה לעלות לטבריה, שהייתה אז חרבה מזה עשרות שנים, כדי להתפלל על קברי הצדיקים. משנת 1721 עד 1740 היה רבה של קהילת איזמיר, ושם תיקן תקנות רבות ונהנה מכבוד אף מצד המוסלמים. שם הדפיס את חיבוריו: “מקראי קודש”, “יוסף לקח” על התורה, “ישרש יעקב” ו“שבות יעקב” על עין יעקב.

בשנת 1740, בגיל שמונים, שב לארץ ישראל בהזמנת דאהר אל־עומר, מושל הגליל, כדי לבנות מחדש את טבריה השוממה. הוא בנה בה מחדש את הרובע היהודי, בית כנסת ובתים, והחיה בה קהילה פורחת; רבים ראו בשיבה זו אות לגאולה. נכדו, רבי חיים ניסים אבולעפיה, היה גם הוא לרב גדול.

הוא נפטר בו׳ בניסן ה׳תק״ד (1744) וטמון בבית הקברות העתיק בטבריה.