נפתלי הוא בנו השישי של יעקב, שנולד לבלהה שפחת רחל. רחל קראה לו בשם זה על שם מאבקה באחותה לאה: ״נַפְתּוּלֵי אֱלֹהִים נִפְתַּלְתִּי עִם אֲחֹתִי גַּם יָכֹלְתִּי״ (בראשית ל, ח). ממנו יצא שבט נפתלי. בניו היו יחצאל, גוני, יצר ושלם (בראשית מו, כד).

בשנות הרעב בארץ כנען ירד נפתלי עם אחיו למצרים לשבור אוכל, ולאחר מכן התיישב שם עם כל בית יעקב.

יעקב בירכו: ״נַפְתָּלִי אַיָּלָה שְׁלֻחָה הַנֹּתֵן אִמְרֵי שָׁפֶר״ (בראשית מט, כא), ומשה אמר על שבטו: ״נַפְתָּלִי שְׂבַע רָצוֹן וּמָלֵא בִּרְכַּת ה׳״ (דברים לג, כג). בתלמוד (סוטה יג ע״א) מסופר שכאשר עשו עיכב את קבורת יעקב במערת המכפלה ודרש את שטר המכירה, אמרו האחים שנפתלי ילך, שהוא קל כאיילה; ורבי אבהו דרש ״אל תקרי אמרי שפר אלא אמרי ספר״, שכן נפתלי רץ למצרים להביא את השטר.

לפי ילקוט שמעוני נולד נפתלי בה׳ בתשרי, ומת בן מאה שלושים ושלוש שנה.

לפי התלמוד הירושלמי, כל שבט ושבט העלה עמו לארץ את עצמות ראש שבטו, ובספר הישר מסופר שנפתלי ואשר נקברו בקדש נפתלי, איש איש במקום שניתן לבניו. קברו מצוין כיום בכביש 899 מול תל קדש שבגליל העליון, סמוך לקבר אחיו אשר.