Yonathan, appelé aussi Yehonathan, était le fils du roi Chaoul et d'A'hinoam, fille d'A'hima'ats, de la tribu de Benjamin. Le Livre de Samuel le présente comme l'aîné des fils du roi, héritier du trône et chef de guerre. Il devint le beau-frère de David lorsque celui-ci épousa sa sœur Mikhal, et il fut le père de Mefibochet, à qui David témoigna plus tard sa bonté.

Dès le début du règne de son père, il commandait mille hommes. Il frappa le préfet philistin de Guéva, défiant ouvertement leur domination. Lors de la guerre de Mikhmas, alors que le peuple s'était dispersé, il s'avança presque seul, avec son écuyer, vers le poste philistin en passant entre les rochers de Botsets et de Séné, et y tua vingt hommes ; cet exploit sema le trouble chez les Philistins et entraîna la victoire d'Israël. Ce jour-là, ignorant le serment imposé par son père, il goûta du miel ; Chaoul voulut le faire mourir, mais le peuple s'y opposa, rappelant qu'il avait accompli cette grande délivrance en Israël.

Après la victoire de David sur Goliath, l'âme de Yonathan s'attacha à celle de David, et il l'aima comme lui-même. Bien qu'il fût l'héritier de son père, il voyait en David le futur roi, accepta de s'effacer devant lui et conclut avec lui une alliance. Il plaida sa cause auprès de Chaoul, au prix de la colère de son père. La Michna, dans les Pirké Avot (5, 16), donne l'amour de David et Yonathan comme l'exemple de l'amour qui ne dépend d'aucune chose et qui ne cesse jamais.

Il tomba avec son père et ses frères face aux Philistins sur le mont Guilboa, le 28 Eloul selon le Midrash. Les Philistins exposèrent leurs corps sur la muraille de Beth-Chéan ; les habitants de Yavech-Guilad les en descendirent et les ensevelirent sous le tamaris de Yavech. Plus tard, David transféra leurs ossements dans le tombeau familial, au pays de Benjamin. Dans sa complainte, David dit de lui que son amour lui était plus précieux que l'amour des femmes.