Rabbi Yehonathan Eybeschütz naquit vers 5454 (1694) selon les recherches récentes (d'autres sources donnent 1690), à Pinczów en Pologne d'après la plupart de ses biographes (d'autres disent Cracovie). Sa mère Cheindel était la fille de Rabbi Moché Its'hak Yehouda Leib Zuntz ; son père, Rabbi Nathan Neta, rabbin d'Eibenschütz en Moravie, descendait de Rabbi Nathan Spira, auteur du Mégalé Amoukot. Enfant prodige, on le surnommait « l'illouy de Pinczów ». Il perdit très jeune ses deux parents.

Orphelin, il grandit à Prossnitz chez Rabbi Meir Eisenstadt, le Maharam Ach, qu'il considérait comme son premier maître, puis étudia à Holleschau auprès de Rabbi Eliezer Halévi Ettinger avant de séjourner à Vienne. En 5470 (1710), il épousa Elkele, fille de Rabbi Moché Its'hak Spira.

Installé à Prague, il devint en 5474 (1714) le prédicateur de la communauté et le chef de sa grande yéchiva, fonctions qu'il occupa environ vingt-cinq ans ; après la mort de Rabbi David Oppenheim (1736), il présida le tribunal rabbinique. En 5501 (1741), il fut élu rabbin de Metz, puis en 5510 (1750) rabbin des « Trois Communautés » d'Altona, Hambourg et Wandsbek.

Il s'intéressait aussi à la Kabbale et rédigea des amulettes, ce qui lui valut l'accusation de sabbatéisme de Rabbi Ya'akov Emden et une longue controverse. La plupart des rabbins de son temps prirent sa défense, et le Sénat de Hambourg trancha en sa faveur, mais la querelle l'empêcha d'être nommé rabbin de Prague.

Œuvres : Kréti ouPléti sur le Choulhan Aroukh Yoré Déa, Ourim veToumim sur 'Hochen Michpat, les sermons Ya'arot Devach, Tiféret Yehonathan sur la Torah, et Lou'hot Edout, où il répond aux accusations portées contre lui. Il mourut à Altona le 21 Eloul 5524 (18 septembre 1764) et fut inhumé au cimetière juif d'Altona.