Rabbi Ya'akov ben Aharon Sasportas naquit en 5370 (1610) à Oran, en Algérie, alors sous domination espagnole, dans une illustre famille de savants expulsée d'Espagne qui descendait, selon la tradition, du Ramban. Enfant prodige, il siégea au tribunal rabbinique de Tlemcen dès l'âge de dix-huit ans et devint rabbin de la ville à vingt-quatre ans ; il exerça ensuite la même fonction dans d'autres communautés d'Afrique du Nord, dont Salé.

Vers 5406 (1646), il fut jeté en prison, puis quitta l'Afrique du Nord pour Amsterdam, où il s'établit au début des années 1650. Il y publia en 1652 Toledot Ya'akov, un index des versets bibliques cités dans le Talmud de Jérusalem. Il accompagna Rabbi Menasseh ben Israël à Londres pour obtenir que les Juifs puissent s'établir en Angleterre, et fut envoyé par le roi du Maroc en mission diplomatique auprès de la cour d'Espagne. En 5424 (1664), il devint rabbin de la communauté portugaise de Londres, mais l'épidémie de peste le poussa vers Hambourg, où il exerça ensuite. Il fut aussi dayan et roch yéchiva à Livourne.

Lors de la vague messianique suscitée par Chabtaï Tsvi en 1665-1666, il fut l'un des premiers et des plus ardents adversaires du faux messie, s'efforçant par ses lettres de détourner les foules d'une croyance qu'il jugeait illusoire. Il consigna ce combat dans Tsitsat Novel Tsvi, achevé à Hambourg en 5433 (1673) ; un abrégé établi par Rabbi Ya'akov Emden parut en 5497 (1737) avec ses responsa, Ohel Ya'akov, édités par son fils Avraham.

Revenu à Amsterdam, il y dirigea la yéchiva Ets 'Haïm et, après la mort de Rabbi Its'hak Aboab da Fonseca en 1693, devint rabbin de la communauté séfarade, fonction qu'il occupa jusqu'à la fin de sa vie. Il quitta ce monde à Amsterdam le 4 Iyar 5458 (15 avril 1698), à l'âge de quatre-vingt-huit ans, et fut enterré au cimetière portugais Beth Haïm d'Ouderkerk, près d'Amsterdam, où sa tombe est restée intacte.