Rabbi Raphaël Nathan Néta Rabinovitch naquit en 5595 (1835) à Novo-Zhagory (Žagarė), dans la province de Kovno, en Lituanie russe, fils de Rabbi Chelomo Zalkind, dans une famille de lignée illustre, qui se rattachait au Maharal de Prague, mais de condition modeste. Vers treize ans et demi, il alla vivre chez Rabbi Yossef ben Israël Isser Padva, à Wilkomir, qui le nourrit pendant deux ans et demi, devint son maître principal et dont il épousa plus tard la nièce ; il continua à le consulter chaque année jusqu'à sa mort en 5621.

Il poursuivit ses études à Keidan, où on le surnomma « le prodige de Keidan » et où il épousa la fille de Rabbi Aharon ben Israël Isser Padva, qui le prit en charge, puis à Kapulie, dans la région de Minsk. En 5614 il s'installa à Eišiškės et à Vilna, où il se lia avec le bibliographe Its'hak Eizik Ben-Yaakov ; il avait composé dès l'âge de seize ans une troisième partie du Siftei Yechénim. À Vilna, il copia en trois mois le manuscrit des responsa du Maharam de Rothenbourg, puis quitta la ville, probablement pour échapper à la conscription, et s'établit à Lemberg, où il publia ce recueil en 5620 avec les approbations de Rabbi Yossef Chaoul Nathanson, qui se levait à son entrée dans la synagogue bien qu'il n'eût que vingt-cinq ans.

Après Presbourg et Vienne, où Aharon Jellinek lui parla du manuscrit du Talmud conservé à Munich, il arriva dans cette ville et y commença le 3 Eloul 5623 l'œuvre de sa vie, les Dikdouké Soferim. Soutenu par le banquier et bibliophile Avraham Merzbacher, il compara le manuscrit de Munich de 1342, seul manuscrit complet du Talmud de Babylone, aux premières éditions imprimées et à d'autres manuscrits (Paris, Oxford, Londres, Parme), notant toutes les variantes et les discutant à la lumière des Richonim. Le premier volume, sur Berakhot, parut en 5628 (1867) ; quinze volumes furent publiés de son vivant et un seizième, sur 'Houlin, après sa mort. Il ne confiait à personne la copie des manuscrits, ayant constaté qu'après l'incendie de quelques lignes de son travail, trois copistes lui avaient rendu trois versions différentes.

Son introduction, le Maamar al Hadpassat HaTalmud, retrace l'histoire des éditions du Talmud depuis Soncino (5244) jusqu'à Lemberg (5637) et devint un ouvrage fondamental de la bibliographie hébraïque. Il édita aussi le Gaon Yaakov sur Erouvin, le Yi'houssei Tannaïm VeAmoraïm et le Kountras Ikrei HaAvoda de son maître. Pour vivre, il dut faire le commerce de livres et de manuscrits.

Lors d'un voyage d'affaires, il tomba malade d'une pneumonie à Kiev et y mourut le 24 Kislev 5649 (28 novembre 1888), à cinquante-trois ans, laissant une veuve et un fils unique. Les notables de Kiev lui rendirent de grands honneurs et l'enterrèrent parmi les grands de la ville.