Rabbi Raphaël Encaoua (ou Ankawa) naquit à Salé, au Maroc, le 2 Tévet 5608 (9 décembre 1847). Il était le fils de Rabbi Mordekhaï et de Biyada, fille de Rabbi Raphaël Bibas, et descendait d'une longue lignée rabbinique séfarade dont faisait partie Rabbi Ephraïm Encaoua, rabbin, médecin et philosophe de la génération de l'expulsion d'Espagne.

Studieux dès sa jeunesse, il joignait l'étude au commerce. Il étudia auprès du Rav Issakhar Assaraf, dont il épousa la fille. Lorsque son maître monta en Erets Israël en 1879, il fut nommé dayan au tribunal rabbinique de Salé, dont il devint le président. Vers 5660 (1900), il fonda à Salé une yéchiva ; parmi ses élèves figurent le Rav David Tsabah, Rabbi Avraham David Rivah, le Rav Ephraïm Chalom Encaoua et son propre fils, le Rav Mikhaël Issakhar Encaoua.

Au début du protectorat français, instauré en 1912, les autorités décidèrent de créer une fonction de grand rabbin pour représenter les Juifs du Maroc. Pressenti pour ce poste, il refusa d'abord par humilité, estimant qu'il y avait au Maroc des rabbins plus grands que lui, notamment le dayan de Fès, Rav Ben Danan. Il finit par accepter et devint en 1918 le premier grand rabbin du Maroc et le premier président du Haut tribunal rabbinique de Rabat. En 1929, le gouvernement français lui décerna la Légion d'honneur.

Œuvres : Karné Réem (Jérusalem, 1910), Pa'amoné Zahav (Jérusalem, 1912), To'afot Réem (Casablanca, 1930) et 'Hidouché Réem, ainsi que des volumes publiés après sa mort.

Il s'éteignit à Salé le 4 Av 5695 (3 août 1935), à l'âge de 87 ans. Selon la presse de l'époque, jusqu'à 50 000 personnes assistèrent à ses funérailles, dont des représentants français et musulmans et des délégations juives de tout le Maroc. Il repose au cimetière juif de Salé, où sa tombe est devenue un lieu de pèlerinage. Son fils, le Rav Mikhaël Issakhar Encaoua, fut à son tour grand rabbin du Maroc.