Rabbi Nathan Néta Shapira, appelé le Mégalé Amoukot d'après son livre, naquit vers 5345 (1584 ou 1585). Il était le fils de Rabbi Chelomo Shapira et fut nommé d'après son grand-père, Rabbi Nathan Néta Shapira, rabbin de Grodno et auteur de Mevo Ché'arim et d'Imré Chefer. Sa famille faisait remonter son ascendance à Rachi.

Vers 1608, il vint de Grodno à Kazimierz, près de Cracovie, et épousa Roza, fille de Moché Ya'akovovitch, notable de la ville. Son beau-père pourvoyant à tous ses besoins, il exerça ses fonctions publiques sans rémunération. En 5377 (1617), à trente et un ans, il fut nommé directeur de yéchiva et prédicateur de la communauté de Cracovie ; les sources anglaise et française le présentent comme grand rabbin de la ville.

À ses élèves, il enseignait le Talmud selon la méthode du pilpoul ; dans ses sermons du Chabbat, il s'appuyait aussi sur la kabbale, bâtissant ses explications sur chaque lettre et chaque signe de la Torah. Il contribua à diffuser en Pologne l'enseignement du Ari. Il avait adopté la coutume de Safed du Tikoun 'Hatsot et pleurait chaque nuit la destruction du Temple. Son plus grand élève fut Rabbi Chabtaï HaCohen, le Chakh.

Il composa une quinzaine d'ouvrages, dont un commentaire du Zohar imprimé de son vivant à Lublin, des commentaires sur le Rif, et le Mégalé Amoukot sur la Torah. Le Mégalé Amoukot sur Vaet'hanan, paru à Cracovie en 5397 (1637), propose 252 explications de la prière de Moché « Laisse-moi passer ».

Il quitta ce monde le 13 Av 5393 (20 juillet 1633) et fut enterré dans le vieux cimetière juif de Cracovie (cimetière du Rema), où reposent aussi sa femme et sa fille. Son épitaphe dit de lui que le prophète Éliyahou lui parlait face à face.