Rabbi Naftali Hacohen Katz naquit vers 5409 (1648/1649) à Ostroh, en Volhynie (aujourd'hui en Ukraine), dans une famille de rabbins. Son père, Rabbi Its'hak Hacohen, descendant du Maharal de Prague, av beth din de Stepan et prédicateur à Prague, s'y était réfugié pendant les guerres cosaques ; sa mère était Eidel, fille de Rabbi Mena'hem Stangen (Margaliot), av beth din de Przemysl. Dans sa jeunesse, en 1663, il fut capturé par les Tatars, qui le retinrent en servitude plusieurs années, avant de parvenir à s'échapper et de rentrer à Ostroh, où il fut choisi pour succéder à son père.

Il épousa Esther Cheindel, fille de Rabbi Chemouel Chmelké Zak, av beth din d'Ostroh, qui le nomma roch yéchiva et gabbaï du beth hamidrach qu'il avait construit de ses propres deniers. En 1690, il fut appelé à Posen (Poznań), où il fut grand-rabbin et chef de la 'Hevra Kadicha jusqu'en 1704, se consacrant à la Kabbale et rassemblant une grande bibliothèque d'ouvrages kabbalistiques. Il y laissa une amulette dans une tête de cerf, que les Juifs de la ville tenaient pour une protection efficace contre les incendies. En 1704, il fut appelé au rabbinat de Francfort-sur-le-Main.

Le 24 Tévet 5471 (14-15 janvier 1711), un grand incendie parti de sa maison ravagea tout le quartier juif de Francfort. Bien qu'innocenté au procès, où il apparut qu'un locataire non juif était responsable, il fut accusé d'avoir empêché, en se fiant à ses amulettes kabbalistiques, qu'on éteigne le feu par les moyens ordinaires ; emprisonné, il ne recouvra la liberté qu'en renonçant à sa charge. Il se rendit alors à Prague, où il enseigna à la yéchiva de Rabbi David Oppenheim. Il y rencontra le sabbatéen Né'hémia 'Hiya 'Hayoun, à qui il accorda une approbation pour son livre ; il la retira ensuite, affirmant avoir été trompé, et s'associa au 'Hakham Tsvi dans le 'hérem contre 'Hayoun. En 1715, il tenta sans succès de retrouver son rabbinat de Posen, puis retourna à Ostroh.

Son œuvre principale, Birkat Hachem (Francfort, 1702), réunit Semikhat 'Hakhamim, qui explique l'enchaînement des traités de la Michna, et Kedoucha Ouvrakha, commentaire sur le traité Berakhot ; c'est sous le nom de Semikhat 'Hakhamim que son nom est resté dans les mémoires. Il écrivit aussi Pi Yecharim, introduction kabbalistique à la Genèse, Mechekh Hazéra sur l'ordre Zeraïm, le livre de prières Beth Ra'hel, des Seli'hot avec commentaire, et un testament moral (Tsavaa) rempli d'enseignements, réimprimé à plusieurs reprises.

En 5478 (1718), il décida de monter en Erets Israël, mais mourut en chemin, à Constantinople, le 24 Tévet 5479, et y fut enterré. Il eut une nombreuse descendance rabbinique : ses fils furent av beth din de Brody, Posen, Ostroh, Kremsier, Breslau et Prossnitz, et le 'Hakham Tsvi fut son me'houtan. Parmi ses descendants, on compte Rabbi Aryé Leib Heller, auteur du Ketsot Ha'hochen, et les dynasties 'hassidiques de Zhidachov, Stretin et Belz.