Rav Guedalia 'Hayon naquit à Constantinople, dans l'Empire ottoman, où il fut l'élève de Rav 'Haïm Alfandari. Kabbaliste et émissaire des communautés de Terre d'Israël, il compte parmi les sages les plus importants de Jérusalem dans la première moitié du XVIIIe siècle.

En 5493 (1733), les Juifs de Hébron, qui vivaient alors dans une grande détresse, lui demandèrent de partir en mission pour eux en Turquie. À Constantinople siégeait un comité chargé de soutenir le yichouv de Jérusalem ; Rav Guedalia obtint qu'on agisse aussi pour Hébron, et un comité des responsables de Hébron fut fondé pour aider à régler les dettes de la communauté envers les autorités ottomanes. Il se distingua en refusant tout salaire pour cette mission, alors que les émissaires recevaient habituellement une rétribution importante.

À son retour, en 5497 (1737), il fonda à Jérusalem et dirigea une yéchiva de kabbalistes, d'abord appelée Midrach 'Hassidim puis Beth-El. Consacrée dès l'origine à l'étude de la kabbale par l'élite des sages de Jérusalem, elle acquit vite une renommée dans tout le monde juif, et des étudiants vinrent de la diaspora pour y étudier, comme Rabbi Avraham Guerchon de Kitov, beau-frère et disciple du Ba'al Chem Tov. La yéchiva existe toujours dans la Vieille Ville de Jérusalem.

Le 'Hida, qui étudia dans sa yéchiva, le décrit avec une grande admiration : il lui donne le titre de « saint », réservé à ceux qui menèrent une vie de sainteté et de retrait, et le présente comme un homme dont les prières étaient exaucées.

En 5510 (1750), à sa demande, son disciple le kabbaliste Rav Chalom Char'abi, venu du Yémen, fut nommé à la tête de la yéchiva. Rav Guedalia 'Hayon quitta ce monde le 5 Av 5510 (7 août 1750) et fut enterré à Jérusalem, sur le mont des Oliviers, au sud du tombeau de Zacharie, sur le chemin de Silwan.