Rabbi Ephraïm ben Aharon Navon naquit en 5437 (1677) à Constantinople, dans la famille Navon, selon le Chem Haguedolim du 'Hida et l'introduction de Rabbi 'Haïm Chemouel Danon au Ma'hané Ephraïm ; d'autres le font naître à Nicopol, en Bulgarie, d'où sa famille serait passée peu après à Constantinople. Il y étudia la Torah avec son ami du même âge, le gaon Rabbi Ya'akov Sasson, auprès de leur maître Rabbi Alfandari, et se distingua très tôt par son assiduité et sa pénétration.

Vers 5460-5461 (1700), il monta en Erets Israël et s'installa à Jérusalem. Selon certaines versions, dont le Chem Haguedolim, il avait déjà épousé la fille de Rabbi Yehouda Ergas et monta avec son beau-père ; selon l'introduction de Rabbi 'Haïm Chemouel Danon, il partit seul et se maria après son arrivée. À Jérusalem, il fut reçu avec honneur et admiration ; Rabbi 'Haïm Chemouel Danon écrivit : « Lorsque notre maître monta de Constantinople à Jérusalem, tout le peuple se réjouit d'une grande joie : un lion est monté, dont la Torah proclame la grandeur ». Pendant ses dix premières années dans la ville, il étudia dans l'isolement et sans interruption, parcourant tout le Talmud en profondeur ainsi que le Rambam et le Beth Yossef, vraisemblablement à la yéchiva Nevé Chalom fondée par Rabbi Its'hak de Mayo. Sa renommée se répandit alors dans le monde juif.

Les Juifs de Jérusalem souffraient alors de lourdes vexations du pouvoir ottoman : impôts, amendes et persécutions poussèrent beaucoup d'entre eux à fuir, mais Rabbi Ephraïm resta, presque seul dirigeant juif de la ville. Quand la situation devint intenable, il quitta Jérusalem comme émissaire (chadar) de la communauté. Arrivé à Constantinople, il y gagna l'estime des érudits, qui le pressèrent de rester, et Rabbi Yehouda Rosanes, av beth din de la ville et auteur du Michné Lamelekh, le nomma décisionnaire et dayan. Rabbi Avraham Rosanes écrivit de lui : « Du jour à la nuit, sa bouche ne cessait d'étudier... son cœur était comme le cœur du lion pour conclure la halakha, et les sentiers de tout le Talmud lui étaient clairs ».

Son œuvre, le Ma'hané Ephraïm, suit l'ordre du Michné Torah du Rambam et traite, souvent sous forme de questions et réponses, de questions de droit civil talmudique comme la renonciation à une dette (me'hila), l'asmakhta ou les obligations du voleur involontaire. Il ne put le voir imprimé : sur son lit de mort, il demanda à son fils Rabbi Yehouda Navon, auteur du Kiryat Melekh Rav, de l'éditer, ce qu'il fit à Constantinople en 5498 (1738). Le 'Hida écrivit : « sa sagesse et son érudition se reconnaissent dans son livre redoutable », et le 'Hatam Sofer salua sa renommée « parmi tous les livres des sages séfarades, les grands des A'haronim ». Le livre, avec les gloses de Rabbi Akiva Eiger, est encore étudié dans les yéchivot.

Rabbi Ephraïm Navon quitta ce monde à Constantinople, à l'âge de 58 ans, le lundi 26 Nissan 5495 (1735), comme l'indique l'inscription de sa tombe, retrouvée en 5657 (1897) par son descendant Yossef Navon Bey, après être restée perdue plus de 150 ans. Il laissa une lignée de sages et de dayanim ; son arrière-petit-fils Rabbi Yehouda Navon fut Richon LeTsion.