Rabbi 'Haïm Abulafia, appelé « le second » pour le distinguer de son ancêtre du même nom, naquit à Hébron en 1660, fils de Rabbi Yaakov Abulafia, d'une grande famille de rabbins exilés d'Espagne. Dans sa jeunesse, sa famille s'installa à Jérusalem, où il étudia à la yéchiva Beth Yaakov, alors dirigée par Rabbi Moché Galanté, et étudia en binôme avec Rabbi 'Hizkiya da Silva, le Peri 'Hadach.

En 1699, les Juifs de Hébron, écrasés d'impôts, lui demandèrent de partir en mission pour eux en Turquie. Après six ans, il revint en Terre d'Israël et devint rabbin de Safed ; il se rendait souvent à Tibériade, alors en ruines depuis des décennies, pour prier sur les tombes des tsadikim. De 1721 à 1740, il fut le rabbin de la communauté d'Izmir, où il institua de nombreux règlements et était honoré même des musulmans. Il y publia ses ouvrages : Mikraé Kodech, Yossef Leka'h sur la Torah, Yachrech Yaakov et Chevout Yaakov sur le Ein Yaakov.

En 1740, à l'âge de quatre-vingts ans, il revint en Terre d'Israël à l'invitation de Dahir al-Omar, le gouverneur de Galilée, pour reconstruire Tibériade, alors désolée. Il y rebâtit le quartier juif, une synagogue et des maisons, et y fit revivre une communauté florissante ; ce retour fut perçu par beaucoup comme un signe de la délivrance. Son petit-fils, Rabbi 'Haïm Nissim Abulafia, devint à son tour un grand rabbin.

Il quitta ce monde le 6 Nissan 5504 (1744) et repose dans le vieux cimetière de Tibériade.